De medische behandeling van mensen met het STXBP1-syndroom gaat vaak om de bestrijding van de epilepsie. Verder is er vaak fysiotherapie en ergotherapie nodig, bijvoorbeeld om het lopen te verbeteren. Communicatie-trainingen kunnen ook nuttig zijn. Want veel mensen met het STXBP1-syndroom kunnen maar beperkt of helemaal niet praten. Ten slotte werkt de medische wetenschap de laatste tijd aan gentherapieën. Dat kan sinds de ontdekking dat het om fouten op het STXBP1-gen gaat.